maksbotan / readme.md
Save maksbotan/28a38c9133cbb4143f059a29406d6862 to your computer and use it in GitHub Desktop.
Как установить Python для курса по биоинформатике
Как установить Python для курса по биоинформатике
Наш курс включает в себя решения задач на практических занятиях, а также домашние задания. Для этого вам понадобится ноутбук с Python.
Если у вас уже установлен Python и вы уверены, что умеете им пользоваться, переходите сразу к разделам «Установка нужных библиотек» и «Дополнительные материалы».
Если у вас Mac — попробуйте адаптировать эту инструкцию для себя или обратитесь за помощью к организаторам курса. Если же у вас Linux, то вы скорее всего сами всё знаете. Если что-то всё же не получается, попросите помощи в нашем чате.
Установка Python
Мы будем пользоваться Python 3.8. Скачать его можно по этой ссылке. Запустите скачанный файл для установки.
Рекомендуем на первом экране нажать «Customize installation»:
и на следующем выбрать «Install for all users» и «Add Python to environment variables»:
Установка редактора
Теоретически, код на Python можно писать в любом текстовом редакторе, включая Блокнот. Однако решать задачу будет гораздо удобнее если установить специально для этого предназначенный.
Мы рекомендуем пользоваться Visual Studio Code. Скачать можно здесь.
Настройка VS Code
Нам понадобится установить расширение VS Code, включающее поддержку Python. Для этого нажмите нижнюю кнопку в левой панели (состоит из 4 квадратиков), введите в строке поиска «Python», выберите первое расширение (как на картинке ниже) и нажмите зеленую кнопку Install.
Создайте новый файл («File» -> «New File») и сохраните его с расширением .py , например hello.py .
Если всё установлено правильно, в левом нижнем углу вы увидите надпись «Python 3.8.7 64-bit». Это значит, что VS Code «увидел» Python, который вы установили.
Запуск ваших программ
Напишите в этом новом файле такой код:
print("Hello, world!")
Теперь нажмите в любом месте правой кнопкой мыши и выберите пункт «Run Python File in Terminal». Внизу экрана вы увидите окно Terminal, в котором будет напечатана строка » Hello, world! «.
Установка нужных библиотек
В наших заданиях нам понадобятся библиотеки numpy и biopython . Самый простой способ их установить — перейти в окно Terminal в VS Code и набрать там команду
pip3 install --user numpy biopython Если эта команда не выведет никаких ошибок (красным текстом), значит вы готовы к нашему курсу!
Дополнительные материалы
Если вы ещё никогда не писали на Python или просто не уверены в своих знаниях, рекомендуем несколько хороших материалов.
- Самоучитель Python, в котором можно делать упражнения прямо в окна браузера: https://pythontutor.ru
- Небольшая книга-самоучитель по языку: https://pythonworld.ru/samouchitel-python
- И бесплатный видео курс по Python от Института Биоинформатики: https://stepik.org/course/67/promo
Как установить библиотеку C++ в VS code?
Я скачал библиотеку вот тут: «», но не могу её установить в VS code, т.к работаю в нем не так много. Помогите пожалуйста!
- Вопрос задан более года назад
- 3256 просмотров
Комментировать
Решения вопроса 1
Владимир Коротенко @firedragon
Не джун-мидл-сеньор, а трус-балбес-бывалый.
вам интересен includePath
Ответ написан более года назад
Руководство. Установка и использование пакетов с CMake в Visual Studio Code
В этом руководстве показано, как создать программу C++ Hello World, которая использует библиотеку fmt с CMake, vcpkg и Visual Studio Code. Вы установите зависимости, настройте, создадите и запустите простое приложение.
Необходимые компоненты
- Visual Studio Code
- Компилятор C++.
- Windows 7 или более поздней версии
В этом примере используется компилятор MSVC C++ в рабочей нагрузке разработки Visual Studio C++.
1. Настройка vcpkg
- Клонирование репозитория Первым шагом является клонирование репозитория vcpkg из GitHub. Репозиторий содержит скрипты для получения исполняемого файла vcpkg и реестра курируемых библиотек с открытым исходным кодом, поддерживаемых сообществом vcpkg. Для этого выполните следующую команду:
git clone https://github.com/microsoft/vcpkg.git cd vcpkg && bootstrap-vcpkg.bat cd vcpkg; .\bootstrap-vcpkg.bat cd vcpkg && ./bootstrap-vcpkg.sh 2. Установка расширений Visual Studio Code
Перейдите в представление расширения и установите расширение C++. Это позволяет использовать IntelliSense C++ и навигацию по коду.
Снимок экрана: представление расширения Visual Studio Code с расширением C++
Установите расширение средств CMake. Это обеспечивает поддержку CMake в Visual Studio Code.
Снимок экрана: представление расширения Visual Studio Code с расширением средств CMake
3. Настройка vcpkg
- VCPKG_ROOT Настройте переменную среды.
Открытие нового терминала в Visual Studio Code: терминал > нового терминала
Выполните следующие команды:
$env:VCPKG_ROOT="C:\path\to\vcpkg" $env:PATH="$env:VCPKG_ROOT;$env:PATH" 
Снимок экрана: настройка VCPKG_ROOT и добавление его в PATH в терминале Visual Studio Code.
set "VCPKG_ROOT=C:\path\to\vcpkg" set PATH=%VCPKG_ROOT%;%PATH% VCPKG_ROOT=/c/path/to/vcpkg PATH=$PATH:$VCPKG_ROOT Параметр VCPKG_ROOT помогает Visual Studio найти экземпляр vcpkg. Добавьте его, чтобы PATH вы могли выполнять команды vcpkg непосредственно из оболочки.
- Создайте файл манифеста и добавьте зависимости.
Выполните следующую команду, чтобы создать файл манифеста vcpkg ( vcpkg.json ):
vcpkg new --application Команда vcpkg new добавляет vcpkg.json файл и vcpkg-configuration.json файл в каталог проекта.
fmt Добавьте пакет в качестве зависимости:
vcpkg add port fmt Теперь должно содержаться следующее vcpkg.json :
Это файл манифеста. vcpkg считывает файл манифеста, чтобы узнать, какие зависимости необходимо установить и интегрировать с MSBuild, чтобы предоставить зависимости, необходимые для проекта.
vcpkg-configuration.json Созданный файл представляет базовый план, который устанавливает минимальные ограничения версий для зависимостей проекта. Изменение этого файла выходит за рамки область этого руководства. Хотя это не применимо в этом руководстве, рекомендуется сохранить vcpkg-configuration.json файл под управлением версиями, чтобы обеспечить согласованность версий в разных средах разработки.
3. Настройка файлов проекта
CMakeLists.txt Создайте файл со следующим содержимым:
cmake_minimum_required(VERSION 3.10) project(HelloWorld) find_package(fmt CONFIG REQUIRED) add_executable(HelloWorld helloworld.cpp) target_link_libraries(HelloWorld PRIVATE fmt::fmt) Теперь давайте разберем, что делает каждая строка в CMakeLists.txt файле:
- cmake_minimum_required(VERSION 3.10) : указывает, что минимальная версия CMake, необходимая для сборки проекта, — 3.10. Если версия CMake, установленная в вашей системе, ниже этой, будет создана ошибка.
- project(HelloWorld) : задает имя проекта «HelloWorld».
- find_package(fmt CONFIG REQUIRED) : ищет библиотеку fmt с помощью файла конфигурации CMake. Ключевое слово REQUIRED гарантирует, что ошибка создается, если пакет не найден.
- add_executable(HelloWorld main.cpp) : добавляет исполняемый целевой объект с именем HelloWorld, созданный из исходного файла main.cpp .
- target_link_libraries(HelloWorld PRIVATE fmt::fmt) : указывает, что исполняемый HelloWorld файл должен ссылаться на библиотеку fmt . Ключевое слово PRIVATE указывает, что fmt требуется только для строительства HelloWorld и не должен распространяться на другие зависимые проекты.
helloworld.cpp Создайте файл со следующим содержимым:
#include int main()
В этом helloworld.cpp файле заголовок включен для использования библиотеки fmt . Затем main() функция вызывает fmt::print() сообщение «Hello World!» в консоль.
Чтобы система проектов CMake распознала библиотеки C++, предоставляемые vcpkg, необходимо предоставить vcpkg.cmake файл цепочки инструментов. Чтобы автоматизировать это, создайте CMakePresets.json файл в каталоге Helloworld со следующим содержимым:
< "version": 3, "configurePresets": [ < "name": "vcpkg", "cacheVariables": < "CMAKE_TOOLCHAIN_FILE": < "value": "$env/scripts/buildsystems/vcpkg.cmake", "type": "FILEPATH" > > > ] > Создайте CMakeUserPresets.json файл в каталоге Helloworld со следующим содержимым:
Этот CMakePresets.json файл содержит одну предустановку vcpkg для CMake и задает CMAKE_TOOLCHAIN_FILE переменную. Позволяет CMAKE_TOOLCHAIN_FILE системе проектов CMake распознавать библиотеки C++, предоставляемые vcpkg. В настоящее время CMakeUserPresets.json используется только CMakePresets.json проверка в управление версиями.
4. Сборка и запуск проекта
- CMake: Build Запустите команду проекта, перейдя к палитре команд в палитре команд в палитре команд представления >
Снимок экрана: выбор команды сборки CMake в Visual Studio Code.
default Выберите предустановку CMake. Это позволяет цепочке инструментов vcpkg.
Снимок экрана: выбор предустановки в команде сборки CMake в Visual Studio Code.
Вы должны увидеть выходные данные:
Hello World! Следующие шаги
Дополнительные сведения см vcpkg.json . в нашей справочной документации:
Совместная работа с нами на GitHub
Источник этого содержимого можно найти на GitHub, где также можно создавать и просматривать проблемы и запросы на вытягивание. Дополнительные сведения см. в нашем руководстве для участников.
Настройка рабочей среды
Установка VS Code не представляет сложностей. Достаточно скачать установочный файл со страницы загрузок и запустить его.
Теперь настроим VS Code для удобной работы с языками C++ и Python.
Расширения VS Code
Установите следующие расширения VS Code:
Выбор интерпретатора python
При начале работы с кодом python (файлом с расширением .py ) VS Code предложит выбрать интерпретатор python, который будет использоваться для подсветки кода, проверки синтаксиса и вывода подсказок:
Можете, например, выбрать интерпретатор из недавно созданного окружения nsu.
Создадим файл test.py , содержащий одну строку:
print('Hello, world!')
Исполнить этот скрипт можно, открыв консоль в VS Code с помощью сочетания клавиш Ctrl+J и набрав в ней
python test.py
В правом верхнем углу окна находится кнопка с зеленым треугольником ▷, нажатие на которую приводит к тому же результату:
Настройка работы с GCC
Создайте файл test.cpp , содержащий следующий код:
#include int main() std::cout <"Hello, world!" <std::endl; return 0; >
Скомпилируем его с помощью компилятора GCC и командной строки. Откройте консоль в VS Code ( Ctrl+J ) и исполните команду
> g++ test.cpp
Компилятор создал исполняемый файл a.exe . Запустите его:
> .\a.exe Hello, world!
Работает. Настроим теперь VS Code для автоматизации этого действия. Выберите в меню пункт Terminal -> Configure Default Build Task. :
Выберите из выпавшего списка пункт g++.exe . В результате будет сгенерирован файл .vscode/tasks.json подобный такому:
"version": "2.0.0", "tasks": [ "type": "shell", "label": "C/C++: cpp.exe build active file", "command": "D:\\mingw\\mingw32\\bin\\g++.exe", "args": [ "-g", "$", "-o", "$\\$.exe" ], "options": "cwd": "$" >, "problemMatcher": [ "$gcc" ], "group": "kind": "build", "isDefault": true > > ] >
Теперь при нажатии клавиш Ctrl+Shift+B или выборе пункта меню Terminal -> Run Build Task будет выполняться компиляция открытого файла. Для файла test.cpp будет создан исполняемый файл test.exe .
Работа с CMake
Откройте новую рабочую директорию VS Code, создайте в ней файл main.cpp , содержащий следующий код:
#include int main() std::cout <"Hello, world!" <std::endl; return 0; >
и файл CMakeLists.txt со следующим содержанием:
cmake_minimum_required(VERSION 3.0.0) add_executable(test main.cpp)
Эти два файла составляют минимальный CMake-проект. Выполним сначала сборку CMake-проекта через консоль: создайте в рабочей директории поддиректорию build , в которой будет осуществляться сборка, и перейдите в неё:
> mkdir build; cd build
Выполните настройку проекта и запустите сборку:
> cmake -G "MinGW Makefiles" .. > cmake --build .
В первой команде мы указали, что сборка будет осуществляться с помощью MinGW и что файлы проекта расположены в родительской директории (путь .. ). Вторая команда осуществляет сборку в текущей директории (путь . ). В директории build должен появиться исполняемый файл test.exe .
Расширение VS Code для работы с CMake позволяет автоматизировать сборку проекта. Выберите рабочую директорию VS Code (комбинация клавиш Ctrl+K+O ), содержащую файлы main.cpp и CMakeLists.txt . Наберите комбинацию клавиш Ctrl+Shift+P и в строке сверху наберите команду >CMake: Configure . Это запустит настройку инструментов CMake. После завершения настройки в нижней части окна появятся инструменты управления сборкой:
Кнопку «Сборка» запускает сборку, а кнопка ▷ — исполняемый файл.
Если автоматическая настройка CMake привела к ошибке, то, вероятно, инициализация CMake выполнилась без параметра -G «MinGW Makefiles» . В этом случае выполните эту команду в консоли, как показано выше. Достаточно выполнить это действие один раз, после чего конфигурация этого и других проектов будет выполняться верно.
Работа с git
Покажем как можно работать с git-репозиторием через VS Code. Выполните fork репозитория задания Hello, Classroom на GitHub:
Это действие создает новый репозиторий в Вашем аккаунте. Разрешите автоматическое тестирование решения, нажав на большую зеленую кнопку во вкладке Actions:
Новый репозиторий необходимо клонировать на Вашу локальную систему. Удобнее всего это делать с помощью протокола ssh. Для этого сначала необходимо включить OpenSSH Client, который по умолчанию выключен.
Взаимодействие с GitHub репозиторием будет происходить по протоколу ssh с помощью техники шифрования с открытым ключом. Создать пару из приватного и публичного ключа можно в консоли:
>ssh-keygen Generating public/private rsa key pair.
По умолчанию сгенерированные ключи будут расположены в директории ~\.ssh . Файл с публичным ключом называется id-rsa.pub . Публичный ключ нужно добавить на GitHub. Для этого откройте раздел SSH and GPG keys в меню Settings и нажмите на кнопку New SSH key :
Заполните открывшуюся форму. В поле Key нужно скопировать содержимое файла id-rsa.pub . Проследите, чтобы при копировании не появились лишние переносы строк. Весь ключ должен быть расположен в одной строке.
Теперь мы готовы к клонированию репозитория. Выберите на компьютере директорию, в которой Вы будете работать с заданиями курса и перейдите в неё. Откройте страницу репозитория hello-classroom в Вашем аккаунте GitHub и скопируйте строку для клонирования через ssh:
Выполните в консоли команду git clone :
> git clone git@github.com:fakestud/hello-classroom.git Cloning into 'hello-classroom'. remote: Enumerating objects: 15, done. remote: Counting objects: 100% (15/15), done. remote: Compressing objects: 100% (8/8), done. remote: Total 15 (delta 0), reused 15 (delta 0), pack-reused 0 Receiving objects: 100% (15/15), done
Строка git@github.com:fakestud/hello-classroom.git есть скопированная выше строка. Репозиторий был клонирован в директорию hello-classroom . Выберите её в качестве рабочей директории VS Code. Прочитайте файл README.md , содержащий инструкции по решению задания. После решения задания выполните локальную проверку:
> conda activate nsu > pip install -r .\requirements.txt > g++ -std=c++17 main.cpp -o a.out > test_cmd tests/ .\a.out Running 1 tests on 4 CPUs. test1 Command: .\a.out Success All 1 tests passed.
Тесты пройдены успешны. Значит, мы готовы к синхронизации репозитория GitHub с нашей локальной версией. В командной строке для этого достаточно выполнить следующие команды:
git add main.cpp git commit -m "Task solved" git push -u origin master
Редактор VS Code позволяет выполнить эти действия через графический интерфейс. VS Code отслеживает изменения локальной версии репозитория. Откройте вкладку контроля версий слева и посмотрите на список изменившихся файлов. В нашем случае это должен быть только файл main.cpp . Выполните команду git add , нажав на кнопку +:
Затем команду git commit , нажав на кнопку ✓ и введя комментарий в текстовом поле:
Наконец, выполните команду git push :
Источники
- First-Time Git Setup
- VS Code: User and Workspace Settings
- VS Code: Using GCC with MinGW
- VS Code: Get started with CMake Tools on Linux
- Git in Visual Studio Code
- Must-have плагины и несколько полезностей для С\С++ разработки в VS Code
- Памятка пользователям ssh
- Введение
- Настройка рабочей среды
- Установка и настройка VS Code
- Что такое Git?
- Установка Git for Windows
- Установка компилятора
- Установка CMake
- Установка Miniconda3
- Установка библиотеки GoogleTest
- Как отправлять решение задач